Nykyinen käsityksemme Naantalin luostarin osiin ja niiden käyttötarkoituksiin perustuu lähes kokonaan 1870-luvun alussa tehtyihin kaivauksiin ja niissä esiin tulleihin rakenteisiin, joista kirjoitettiin kirja 1920-luvulla. Arkeologiselta kannalta voidaan todeta, että harvoin – jos koskaan – on jonkin rakennusryhmän tulkinta pysynyt samana lähes 150 vuotta. Ajatus luostarin eri osista perustuu muiden birgittalaisluostareiden rakennusjakoon. Luostareiden pohjakaava oli keskiajalla muita rakennnuksia tarkemmin määritelty, sillä luostarielämä oli tiukasti määriteltyä ja säädeltyä. Näin oli myös Naantalissa, varsinkin nunnaluostarin puolella.