Luostarikirkon länsiosa oli monessa suhteessa hyvin poikkeuksellinen rakenne suomalaisessa keskiajan kirkkorakentamisessa. Yleensä kirkon pääalttari sijaitsi kirkon itäpäässä, jossa Naantalissa oli kirkon nunnasakaristo ja pääportaali eli sisäänkäynti. Nykyiseltä läntiseltä suunnalta kirkkoon ei keskiajalla kuljettu. Kirkon pääalttari oli erillisessä länsikuorissa, joka oli munkeille varattu kirkon osa. Naantalissa tämä munkkisakaristo on rakennettu kokonaan tiilistä, siinä on ollut poikkeuksellisen hieno holvaus ja suuret länteen ja pohjoiseen avautuvat ikkunat, jotka umpeen muurattuina voi nähdä vielä tänä päivänä kirkon tornin tiilisessä alaosassa. Tornin alue on ainoa osa kirkkoa, jota ei ole koskaan kaivettu. Voidaankin ajatella, että tornin lattia on parisen metriä keskiaikaisen kuorin lattian yläpuolella ja nykylattian alla odottaa vielä esiinkaivamista kirkon hienon huonetila.