Naantalin luostarissa on muiden birgittalaisluostareiden tavoin harrastettu ja kehitetty lääkekasvien viljelyä. Naantalin luostarin yrttikirjassa esitellään useita eri kasveja ja niiden lääketieteellistä käyttöä. Luostarin puutarhan sijainti on vielä jonkinasteinen arvoitus, sillä munkkiluostarin puolella sopivia alueita olisi ollut ehkä suoraan kirkon eteläpuolella tai sitten luostarialueen länsipuolella. Molemmat alueet vaikuttavat tänä päivänä melkoisen kallioisilta, mutta pitää muistaa, että alue oli luostarivaiheen jälkeen pitkään avoimena myllykalliona.